Historia twarogu jest bezpośrednio związana z procesem udomowiania bydła. Ser ten pojawiał się niezależnie w różnych rejonach świata. Informacje o produkcji pierwszego twarogu zdobywamy na podstawie źródeł archeologicznych, które podają, że pierwszy ser był prawdopodobnie wytwarzany już siedem i pół tysiąca lat przed naszą erą na terenie dzisiejszej Polski, a konkretnie Kujaw. Pierwszy produkt pochodzenia mlecznego przypominający współczesny twaróg powstał poprzez podgrzanie i przecedzenie zsiadłego mleka, a następnie wysuszenie tak powstałej masy na słońcu lub w piecu. W szóstym wieku przed naszą erą twaróg był potrawą znaną i popularną w różnych rejonach świata. Trzy tysiące lat przed naszą erą powstała płaskorzeźba, która bardzo szczegółowo przedstawia produkcję ówczesnego sera. To prawdopodobnie wówczas zaczęto eksperymentować ze wzbogacaniem go solą w celu poprawy smaku. Twaróg był znany starożytnym Grekom i Rzymianom, a w Cesarstwie Bizantyjskim cieszył się bardzo dużym powodzeniem wśród wszystkich grup społecznych.
Na pierwszy wiek naszej ery datowane jest wynalezienie prasy na śrubę, która była przeznaczona specjalnie do wyrobu twarogu. Tradycyjne sposoby wytwarzania sera twarogowego były powszechnie stosowane jeszcze przez kilkaset lat aż do chwili błyskawicznego rozwoju przemysłu, który umożliwił pełną automatyzację tego procesu. W Polsce przełomem w historii twarogu był czas po drugiej wojnie światowej, kiedy rozpoczęto wytwarzanie go na ogromną skalę w specjalnie przygotowanych do tego celu zakładach mleczarskich.